流通企業(yè)統(tǒng)一納稅是一個老問題，重點反映在連鎖零售企業(yè)、物流配送企業(yè)、電子商務(wù)企業(yè)，這些企業(yè)都涉及到網(wǎng)點的跨區(qū)域所產(chǎn)生的統(tǒng)一納稅和分別納稅問題。
　　早在2008年新的《企業(yè)所得稅法》實施后，取消了對物流企業(yè)所得稅統(tǒng)一繳納的規(guī)定，由此產(chǎn)生了割裂物流企業(yè)的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系，這不利于在企業(yè)內(nèi)部統(tǒng)籌盈虧，增加了集團型企業(yè)運營成本和稅負(fù)。也就是說，這一問題產(chǎn)生有6年時間了，但至今仍然未得到有效解決。
　　2003年，財政部與國家稅務(wù)總局聯(lián)合發(fā)出通知，對從事跨區(qū)域連鎖經(jīng)營的內(nèi)外資企業(yè)，統(tǒng)一由總部機構(gòu)在當(dāng)?shù)囟悇?wù)部門繳納企業(yè)所得稅，從而減輕企業(yè)負(fù)擔(dān)。但是文件出臺后，在許多地方并未得到落實。2013年物流業(yè)全面納入"營改增"后，集團型企業(yè)又面臨不能合并繳納增值稅的問題。正所謂"老的問題沒有解決，又出現(xiàn)了新的問題"。
　　多頭納稅帶來的成本（增加），使一個企業(yè)內(nèi)部的資金不能有效地進行統(tǒng)一運作和管理，使企業(yè)的稅收和企業(yè)的利益不能在一個整體的范圍內(nèi)進行調(diào)整和整體的反映。隨著我國的連鎖企業(yè)、物流配送、電子商務(wù)（特別是網(wǎng)店）迅速發(fā)展，納稅地點無法統(tǒng)一，已經(jīng)成為新興企業(yè)和新型業(yè)態(tài)跨區(qū)域發(fā)展的主要障礙之一。
　　跨區(qū)統(tǒng)一納稅之所以難以實現(xiàn)，其實質(zhì)是因為一些"籬笆"存在。以連鎖企業(yè)為例，對于連鎖企業(yè)而言，由總部匯總納稅能使各門店的盈虧互相沖抵，從而減輕整體稅負(fù)，但對地方政府而言，將出現(xiàn)營業(yè)發(fā)生地與納稅地之間的脫節(jié)，即使規(guī)定了由總部所在地將稅收予以返還，也是盈虧相抵后的利潤按應(yīng)得比例返還，肯定比直接在當(dāng)?shù)厥斩愐�少。所以地方政府從心理上并不愿意接受這樣的政策，因為由總部合并納稅意味著連鎖店所在的地方稅收和財政收入將被砍掉一塊。
　　連鎖經(jīng)營反映出來的問題，在物流配送、電子商務(wù)（網(wǎng)店）上也反映出來，特別是集團型物流企業(yè)在各地?fù)碛写罅康慕?jīng)營網(wǎng)點，有的擁有數(shù)千個經(jīng)營網(wǎng)點。這些經(jīng)
　　營網(wǎng)點統(tǒng)一品牌、統(tǒng)一服務(wù)，由總部統(tǒng)一管理、統(tǒng)
　　一經(jīng)營，亟待打破地區(qū)封鎖，實施跨區(qū)域統(tǒng)一納
　　稅。
　　對于不同的企業(yè)也需要具體情況具體分析，還要認(rèn)真研究2012年財政部出臺的《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》文件，研究和完善匯總納稅企業(yè)實行"統(tǒng)一計算、分級管理、就地預(yù)繳、匯總清算、財政調(diào)庫"的企業(yè)所得稅征收管理辦法，探索"營改增"出現(xiàn)的一些新情況。