2012年開始的營業(yè)稅改增值稅（以下簡稱"營改增"）是國家的一項重大稅制改革。交通運輸業(yè)作為試點行業(yè)之一，是此項改革的先行者和試驗田。兩年多的實踐證明，改革對于交通運輸業(yè)持續(xù)健康發(fā)展，起到了積極的促進作用，但也顯現(xiàn)出諸多問題，相關(guān)政策需要進一步完善。"營改增"主要問題
　�。ㄒ唬┪锪鞲鳝h(huán)節(jié)增值稅稅率不統(tǒng)一，不利于現(xiàn)代物流一體化發(fā)展。目前的增值稅仍沿用營業(yè)稅的做法，在稅目上將物流業(yè)務(wù)劃分為"交通運輸服務(wù)"和"物流輔助服務(wù)"，增值稅率分別為11%和6%。實際上，各項物流業(yè)務(wù)上下關(guān)聯(lián)，很難區(qū)分開"交通運輸服務(wù)"和"物流輔助服務(wù)"。提供綜合物流服務(wù)的企業(yè)，由于兩種服務(wù)增值稅率、發(fā)票均不同，需要人為分割服務(wù)項目，否則，將按11%的稅率從高納稅。稅目、稅率上對物流業(yè)務(wù)進行的分割一定程度上阻礙了現(xiàn)代物流的一體化運作和一站式服務(wù)。
　�。ǘ�）進項抵扣范圍較窄，一定程度上增加了企業(yè)負擔。一方面，"營改增"試點政策規(guī)定，試點之前購置的固定資產(chǎn)已征稅款不能納入進項抵扣范圍。交通運輸業(yè)存量固定資產(chǎn)多，大型交通運輸設(shè)備（如車輛、船舶等）投入大，沉淀成本高，更新周期長。此規(guī)定在一定程度上造成了企業(yè)稅負的增加。同時，雖然"營改增"有利于提高企業(yè)試點后更新改造設(shè)備的積極性，但對試點前購置固定資產(chǎn)的企業(yè)不是十分公平，特別是對試點前新近購置了大量固定資產(chǎn)的企業(yè)確實顯失公平。另一方面，路橋通行費、過閘費、保險費、建筑業(yè)等尚未納入"營改增"試點，這些支出在企業(yè)的成本結(jié)構(gòu)中占有相當?shù)谋壤�，卻享受不到增值稅進項抵扣政策，增加了企業(yè)負擔。特別是港口、碼頭等基礎(chǔ)設(shè)施，投入巨大，能否享受抵扣政策，對企業(yè)的影響非常大。
　�。ㄈ�）交通運輸行業(yè)尚不完全適應(yīng)增值稅稅制。一是交通運輸行業(yè)特別是公路運輸業(yè)骨干企業(yè)比重小，運輸規(guī)�；�、組織化程度低，在一定程度上影響了企業(yè)購買運輸設(shè)備的能力和需求。二是公路貨運及旅游客運、水路運輸行業(yè)普遍存在掛靠經(jīng)營、承包經(jīng)營模式，被掛靠或發(fā)包企業(yè)不掌握掛靠或承包企業(yè)成本情況，相關(guān)成本費用無法實現(xiàn)進項稅額抵扣。三是交通運輸企業(yè)專業(yè)化分工程度低，普遍存在"大而全"或"小而全"的情況，部分可通過外包方式增加進項稅額抵扣的費用支出被內(nèi)部化了（如維修費用等），無法抵扣。四是目前運力大于運量，運輸經(jīng)營者之間存在惡性競爭，加之交通運輸行業(yè)處于產(chǎn)業(yè)鏈末端，話語權(quán)較弱，使得交通運輸企業(yè)議價能力總體偏弱，因"營改增"增加的稅負難以通過價格手段向外傳導(dǎo)。（四）交通運輸企業(yè)內(nèi)部管理尚不適應(yīng)改革要求。主要體現(xiàn)在內(nèi)部管理不夠規(guī)范、不夠精細，導(dǎo)致企業(yè)未能充分享受改革紅利。（五）稅收征管方式有待改進。一是稅務(wù)部門對增值稅發(fā)票數(shù)量、限額等的限制與實際需求不符。二是部分地區(qū)存在征管政策標準不統(tǒng)一的情況，造成同業(yè)不同稅，不利于公平競爭。三是稅改的配套政策還不到位。相關(guān)政策建議（一）統(tǒng)一物流業(yè)各環(huán)節(jié)稅率�！秶鴦�(wù)院辦公廳關(guān)于促進物流業(yè)健康發(fā)展政策措施的意見》（國辦發(fā)〔2011〕38號）明確提出，"要結(jié)合增值稅改革試點，盡快研究解決倉儲、配送和貨運代理等環(huán)節(jié)與運輸環(huán)節(jié)營業(yè)稅稅率不統(tǒng)一的問題"。通過"營改增"將"交通運輸服務(wù)"與"物流輔助服務(wù)"稅率統(tǒng)一起來，既是落實國務(wù)院發(fā)展現(xiàn)代物流業(yè)的要求，也是現(xiàn)代物流業(yè)一體化發(fā)展的內(nèi)在需要。（二）加快擴大"營改增"試點行業(yè)范圍。盡快將建筑安裝、金融保險、不動產(chǎn)租賃等行業(yè)納入"營改增"試點，解決行業(yè)間稅負不平衡的問題。（三）進一步擴大進項稅額抵扣范圍�？梢越梃b1994年增值稅改革做法，對試點實施前購置的存量固定資產(chǎn)（車輛、船舶等大型交通運輸設(shè)備）已征稅款允許分期抵扣；也可以借鑒本次稅改對提供經(jīng)營租賃服務(wù)的一般納稅人的做法，允許其使用存量固定資產(chǎn)取得的收入采用簡易計稅方式計算繳納增值稅。該兩種做法，無論借鑒哪一種，都能切實減輕交通運輸業(yè)稅負，都能更加體現(xiàn)稅收政策的公平性。（四）優(yōu)化財政扶持政策。財政扶持政策對確保交通運輸行業(yè)"營改增"試點平穩(wěn)有序推進至關(guān)重要。財稅部門要繼續(xù)保留、完善，并出臺全國統(tǒng)一的扶持政策，統(tǒng)一扶持時間、扶持主體、補貼標準，簡化程序，企業(yè)因為此次稅改增加的附加稅支出應(yīng)一并納入財政扶持范圍。（五）規(guī)范增值稅征收管理。國家有關(guān)部門應(yīng)加強對各地財稅部門的指導(dǎo)，統(tǒng)一征管標準，避免各地財稅部門因為對政策的理解差異造成執(zhí)行差異。同時，加強調(diào)研，更加深入地了解"營改增"實施過程中的問題，并采取切實有效的措施解決問題。