2012年開始的營業(yè)稅改增值稅（以下簡稱"營改增"）是國家的一項重大稅制改革。交通運輸業(yè)作為試點行業(yè)之一，是此項改革的先行者和試驗田。兩年多的實踐證明，改革對于交通運輸業(yè)持續(xù)健康發(fā)展，起到了積極的促進作用，但也顯現(xiàn)出諸多問題，相關政策需要進一步完善。"營改增"主要問題
　�。ㄒ唬┪锪鞲鳝h(huán)節(jié)增值稅稅率不統(tǒng)一，不利于現(xiàn)代物流一體化發(fā)展。目前的增值稅仍沿用營業(yè)稅的做法，在稅目上將物流業(yè)務劃分為"交通運輸服務"和"物流輔助服務"，增值稅率分別為11%和6%。實際上，各項物流業(yè)務上下關聯(lián)，很難區(qū)分開"交通運輸服務"和"物流輔助服務"。提供綜合物流服務的企業(yè)，由于兩種服務增值稅率、發(fā)票均不同，需要人為分割服務項目，否則，將按11%的稅率從高納稅。稅目、稅率上對物流業(yè)務進行的分割一定程度上阻礙了現(xiàn)代物流的一體化運作和一站式服務。
　�。ǘ�）進項抵扣范圍較窄，一定程度上增加了企業(yè)負擔。一方面，"營改增"試點政策規(guī)定，試點之前購置的固定資產已征稅款不能納入進項抵扣范圍。交通運輸業(yè)存量固定資產多，大型交通運輸設備（如車輛、船舶等）投入大，沉淀成本高，更新周期長。此規(guī)定在一定程度上造成了企業(yè)稅負的增加。同時，雖然"營改增"有利于提高企業(yè)試點后更新改造設備的積極性，但對試點前購置固定資產的企業(yè)不是十分公平，特別是對試點前新近購置了大量固定資產的企業(yè)確實顯失公平。另一方面，路橋通行費、過閘費、保險費、建筑業(yè)等尚未納入"營改增"試點，這些支出在企業(yè)的成本結構中占有相當?shù)谋壤�，卻享受不到增值稅進項抵扣政策，增加了企業(yè)負擔。特別是港口、碼頭等基礎設施，投入巨大，能否享受抵扣政策，對企業(yè)的影響非常大。
　�。ㄈ�）交通運輸行業(yè)尚不完全適應增值稅稅制。一是交通運輸行業(yè)特別是公路運輸業(yè)骨干企業(yè)比重小，運輸規(guī)模化、組織化程度低，在一定程度上影響了企業(yè)購買運輸設備的能力和需求。二是公路貨運及旅游客運、水路運輸行業(yè)普遍存在掛靠經(jīng)營、承包經(jīng)營模式，被掛靠或發(fā)包企業(yè)不掌握掛靠或承包企業(yè)成本情況，相關成本費用無法實現(xiàn)進項稅額抵扣。三是交通運輸企業(yè)專業(yè)化分工程度低，普遍存在"大而全"或"小而全"的情況，部分可通過外包方式增加進項稅額抵扣的費用支出被內部化了（如維修費用等），無法抵扣。四是目前運力大于運量，運輸經(jīng)營者之間存在惡性競爭，加之交通運輸行業(yè)處于產業(yè)鏈末端，話語權較弱，使得交通運輸企業(yè)議價能力總體偏弱，因"營改增"增加的稅負難以通過價格手段向外傳導。（四）交通運輸企業(yè)內部管理尚不適應改革要求。主要體現(xiàn)在內部管理不夠規(guī)范、不夠精細，導致企業(yè)未能充分享受改革紅利。（五）稅收征管方式有待改進。一是稅務部門對增值稅發(fā)票數(shù)量、限額等的限制與實際需求不符。二是部分地區(qū)存在征管政策標準不統(tǒng)一的情況，造成同業(yè)不同稅，不利于公平競爭。三是稅改的配套政策還不到位。相關政策建議（一）統(tǒng)一物流業(yè)各環(huán)節(jié)稅率�！秶鴦赵恨k公廳關于促進物流業(yè)健康發(fā)展政策措施的意見》（國辦發(fā)〔2011〕38號）明確提出，"要結合增值稅改革試點，盡快研究解決倉儲、配送和貨運代理等環(huán)節(jié)與運輸環(huán)節(jié)營業(yè)稅稅率不統(tǒng)一的問題"。通過"營改增"將"交通運輸服務"與"物流輔助服務"稅率統(tǒng)一起來，既是落實國務院發(fā)展現(xiàn)代物流業(yè)的要求，也是現(xiàn)代物流業(yè)一體化發(fā)展的內在需要。（二）加快擴大"營改增"試點行業(yè)范圍。盡快將建筑安裝、金融保險、不動產租賃等行業(yè)納入"營改增"試點，解決行業(yè)間稅負不平衡的問題。（三）進一步擴大進項稅額抵扣范圍�？梢越梃b1994年增值稅改革做法，對試點實施前購置的存量固定資產（車輛、船舶等大型交通運輸設備）已征稅款允許分期抵扣；也可以借鑒本次稅改對提供經(jīng)營租賃服務的一般納稅人的做法，允許其使用存量固定資產取得的收入采用簡易計稅方式計算繳納增值稅。該兩種做法，無論借鑒哪一種，都能切實減輕交通運輸業(yè)稅負，都能更加體現(xiàn)稅收政策的公平性。（四）優(yōu)化財政扶持政策。財政扶持政策對確保交通運輸行業(yè)"營改增"試點平穩(wěn)有序推進至關重要。財稅部門要繼續(xù)保留、完善，并出臺全國統(tǒng)一的扶持政策，統(tǒng)一扶持時間、扶持主體、補貼標準，簡化程序，企業(yè)因為此次稅改增加的附加稅支出應一并納入財政扶持范圍。（五）規(guī)范增值稅征收管理。國家有關部門應加強對各地財稅部門的指導，統(tǒng)一征管標準，避免各地財稅部門因為對政策的理解差異造成執(zhí)行差異。同時，加強調研，更加深入地了解"營改增"實施過程中的問題，并采取切實有效的措施解決問題。